در این نوع کروماتوگرافی یک پُرکننده فاز پیوندی ناقطبی بکار می رود، اکثراً گروه R سیلوکسان گروه عاملی اکتادسیل ( 18 کربنی ) یا اکتیل ( 8 کربنی ) استفاده   می شود، بنابراین هنگامی که خاصیت ناقطبی حل شونده افزوده می شود، زمان نگهداری نیز افزایش می یابد. مثلاً هیدروکربنها بطور قویتری نسبت به الکل ها    نگه داشته می شوند. شویش با یک فاز متحرک به شدت قطبی مانند محلول آبی متانول، استونیتریل و تتراهیدروفروان انجام می شود و چون وسیکوزیته این حلال ها کم می باشد، بسیار مورد استفاده قرار می گیرند و با درجه خلوص بالا در دسترس می باشند. بهتر است ترکیب بهینه فاز متحرک با روش آزمون و خطا انجام شود، مثلاً از یک مخلوط یک به یک آب و متانول شروع شود.